2039:l'humanité perd sa dernière bataille navale contre la Flotte de la Brume,armada maritime composée d'une multitude de bâtiments de guerre d'origine inconnue,et se voit ainsi chassée des mers.Alors que le réchauffement de la planète et les dérèglements climatiques ont causés l'immersion d'une grande partie des terres,les nations survivantes sont isolées par la destruction de tout moyen de communication externe et le brouillage des ondes causé par l'ennemi.Dix sept ans après,Chihaya Gunzou,futur officier de la marine,entre par hasard en contact avec le sous-marin I-401,mis en cale sèche par les militaires,et découvre que celui-ci possède un modèle mental,personnalisation physique d'intelligence artificielle,appelée Iona. Celle-ci lui révèle qu'elle a reçu 2 ordres lors de son éveil:trouver Chihaya Gunzou et lui obéir. Fuyant à bord du sous-marin rebelle et considérés désormais comme des parias,Gunzou accompagné de quelques amis et Iona s'engagent dans une lutte contre la Flotte de la Brume avec pour objectif de la vaincre et de redonner ainsi à l'humanité la possibilité de reprendre l'avantage.

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